DNAやRNA実験関連でよく使う試薬の調製方法

Tris-HClバッファー

Tris 12.1 g
ミリQ水 80ml
メスアップ 100ml

1.  80 mLのミリQ水に12.1 gのTrisを溶かす。

2.  スターラーで撹拌しながら塩酸を加え、目的のpHに調製する。

発熱するため、正しくpHを合わせるためにはあせって調製しないこと。

10xPBS(-)

リン酸二水素カリウム(KH2PO4) 2g
塩化カリウム(KCl) 2g
リン酸水素二ナトリウム12水和物(H25Na2O16P) 29g
塩化ナトリウム(NaCl) 80g
メスアップ 1000ml

PBS (Phosphate Buffered Saline; リン酸緩衝食塩水)にカルシウムとマグネシウムを含まないものをPBS(-)と表記する。

1.  2 gのリン酸二水素カリウム、2 gの塩化カリウム、29 gのリン酸水素二ナトリウム12水和物、80 gの塩化ナトリウムを1 Lの蒸留水に溶かし、オートクレーブする。

2.  室温で保存可能。

カルシウムとマグネシウムを含むPBS(+)では、オートクレーブできないのでフィルトレーションする。10xPBS(+)の調製は、1.33 gの塩化カルシウム二水和物、及び1 gの塩化マグネシウム六水和物を上記の物質に加え、1 Lの蒸留水に溶かし、フィルトレーションする。

5N 水酸化ナトリウム溶液

水酸化ナトリウム (NaOH, MW = 40.00) 20g
蒸留水 70ml
メスアップ 100ml

1.  70 mL程度の蒸留水をビーカーに入れ、水酸化ナトリウム20 gを加えて、スターラーなどで完全に溶かす。

2.  100 mLになるようにメスアップする。

溶液は室温保存。オートクレーブはしない。強アルカリにつき腐食性があるので、取り扱いには十分注意して行うこと。

1M DTT

DTT (Dithiothreitol) 7.8g
メスアップ 50ml

1.  7.8 gのDTTを50 mLのチューブに入れ、ミリQ水を加えて溶かす。

2.  50 mLにメスアップする。

3.  -20°Cで保存。

0.5 M EDTA pH8.0

EDTA二ナトリウム二水和物(EDTA・2Na・2H2O, MW = 372.24) 18.6g
ミリQ水 70ml
メスアップ 100ml

EDTAはメタロプロテアーゼの阻害剤で、1~10 uMの濃度で作用する。

1.  18.6 gのEDTA二ナトリウム二水和物(EDTA・2Na・2H2O)を70 mLの純水に溶かす。

2.  溶液を撹拌しながらpHを測定し、ペレットの水酸化ナトリウムを少しずつ加え、pHを8.0に近づける。

3.  5N 水酸化ナトリウム溶液を少しずつ加え、pHを8.0に調製する。

4.  100 mLにメスアップする。

溶液は冷蔵保存する。

TEバッファー

1M Tris-HClバッファー pH 8.0 1ml
0.5M EDTA pH 8.0 0.2ml
メスアップ 100ml

1.  1 mLの1M Tris-HClバッファー (pH 8.0)と0.2 mLの0.5M EDTA (pH 8.0)を蒸留水と混合し、100 mLになるようにメスアップする。

2.  オートクレーブする。

3.  室温か冷蔵庫で保存する。

フェノールクロロホルム

クロロホルム 49ml
フェノール 50ml
イソアミルアルコール 1ml

1.  49 mLのクロロホルムに1 mLのイソアミルアルコールを混合する。

2.  フェノールを加え混合する。

3.  遮光し冷蔵保存。

5M 塩化ナトリウム溶液

塩化ナトリウム(NaCl, MW = 58.44) 14.61g
ミリQ水 40ml
メスアップ 50ml

1.  40 mLのミリQ水に14.61 gの塩化ナトリウムを完全に溶かす。

2.  50 mLになるようにメスアップする。

3.  オートクレーブ後、室温保存する。

3M 酢酸ナトリウム溶液 (pH5.2)

酢酸ナトリウム三水和物 40.8g
酢酸 pH調製時に使用
メスアップ 100ml

3M 酢酸ナトリウム溶液 (pH5.2)は、エタノール沈殿に用いられる。

1.  90 mLの蒸留水に40.8 gの酢酸ナトリウム三水和物を溶かす。

2.  撹拌しながら酢酸を少しずつ加え、pHを5.2に調製する。

3.  100 mLにメスアップする。

4.  オートクレーブ後、室温で保存する。

50xTAE

Tris 242g
酢酸 57.1ml
EDTA二ナトリウム二水和物 18.6g
メスアップ 1000ml

TAEは、アガロース電気泳動用のバッファーとして用いられる。

1.  適当量の蒸留水をビーカーに入れ、242 gのTris、57.1 mL の酢酸、18.6 gのEDTA二ナトリウム二水和物を加えて溶かす。

2.  蒸留水で1000 mLにメスアップする。オートクレーブはしなくてよい。

10xTBE

ホウ酸 55g
Tris 108g
EDTA二ナトリウム二水和物 7.4g
メスアップ 1000ml

TBEは、ポリアクリルアミドゲル電気泳動の泳動バッファーに用いられる。

1.  適当量の蒸留水をビーカーに入れ、108 gのTris、55 gのホウ酸、7.4 gのEDTA二ナトリウム二水和物を加えて溶かす。

2.  蒸留水で1000 mLにメスアップする。オートクレーブはしなくてよい。

10×MOPS

MOPS 41.9g
3M 酢酸ナトリウム溶液 16.6ml
0.5M EDTA 20ml
メスアップ 1000ml

10xMOPSバッファーは、ノザンブロッティングに用いられる。

1.  41.9 gのMOPSをRNA用のミリQ水に溶かす。

2.  水酸化ナトリウムでpHを7.0に調製する。

3.  16.6 mLの3M 酢酸ナトリウム溶液と20 mLの0.5M EDTAを加え、1 Lにメスアップする。オートクレーブはしないで室温保存。滅菌を行う場合は0.2 um のフィルターを使用する。

20xSSC

塩化ナトリウム 175.3g
クエン酸ナトリウム 88.2g

1.  175.3 gの塩化ナトリウムと88.2 gのクエン酸ナトリウムをミリQ水に溶かす。

2.  塩酸でpHを7.0に調製する。

3.  1 Lにメスアップする。

エチジウムブロマイド溶液

エチジウムブロマイド 100mg
蒸留水 10ml

エチジウムブロマイド(EtBr; 臭化エチジウム)はインターカレーター(intercalator)であり、核酸染色剤として分子生物学の分野で頻繁に使われる。紫外線を当てると赤橙色の蛍光を発する。
ストック溶液は10 mg/mLに調製し、室温で遮光保存する。

100 mgのエチジウムブロマイドを10 mLの蒸留水に溶かす。操作はグローブを着用して行うこと。

DNA解析ソフトウェア(FREE)

  • ApE
    ApE
    Windowsでも最新のMac OSでもLinuxでも動くように色々なヴァージョンがあるので、適合するものをダウンロードする。
  • Serial Cloner
    Serial Cloner
    ApEと同様に無料でダウンロードできる。きれいなプラスミドマップを描画できる。

Webmaster

mail  biorigene/yahoo.co.jp("/"="@")